Dieses Profil beschreibt die molekularen Konsequenzen von genetischen Varianten. Es ist ein neues Profil in STU3, das die downstream-Beschreibung von genetischen Änderungen ermöglicht und aus dem Variante-Profil ausgegliedert wurde.
Das MolekulareKonsequenz-Profil fokussiert auf die funktionellen Auswirkungen von Varianten, während das Variante-Profil sich auf die Beschreibung der Variante selbst konzentriert.
Das Profil ist abgeleitet vom Profil MolecularConsequence aus HL7 Genomics Reporting Implementation Guide STU3.
| FHIR-Element | Logischer Datensatz |
|---|---|
| Observation.code | Ergebnisse.Veränderungen.Mutationskonsequenz (funktionell) |
| Observation.subject | Probeninformation.Patient |
| Observation.derivedFrom | Referenz zur Variante |
| Observation.component:functional-effect | Ergebnisse.Veränderungen.Mutationskonsequenz (funktionell) |
| Observation.component:feature-consequence | Molekulare Auswirkungen auf Features |
| Observation.status | Weiteres.Berichtstatus |
Suchparameter
Folgende Suchparameter sind für das MolekulareKonsequenz-Profil relevant, auch in Kombination:
Der Suchparameter _id MUSS unterstützt werden:
Beispiele:
GET [base]/Observation?_id=example-mii-molgen-molekulare-konsequenz-1
Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "_id" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Parameters for all resources".
Der Suchparameter "_profile" MUSS unterstützt werden:
Beispiele:
GET [base]/Observation?_profile=https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-molgen/StructureDefinition/molekulare-konsequenz
Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "_profile" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Parameters for all resources".
Der Suchparameter "subject" MUSS unterstützt werden:
Beispiele:
GET [base]/Observation?subject=Patient/example-mii-molgen-patient
Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "subject" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "reference".
Der Suchparameter "code" MUSS unterstützt werden:
Beispiele:
GET [base]/Observation?code=http://loinc.org|81259-4
Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "code" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "token".
Der Suchparameter "derived-from" MUSS unterstützt werden:
Beispiele:
GET [base]/Observation?derived-from=Observation/example-mii-molgen-variante-1
Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "derived-from" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "reference".
Der Suchparameter "component-code" MUSS unterstützt werden:
Beispiele:
GET [base]/Observation?component-code=http://loinc.org|53037-8
Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "component-code" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "token".
Der Suchparameter "component-value-concept" MUSS unterstützt werden:
Beispiele:
GET [base]/Observation?component-value-concept=http://sequenceontology.org|SO:0001583
Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "component-value-concept" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "token".
Examples
Beispiel 1: MolekulareKonsequenz für BRAF-Variante
Beispiel 2: MolekulareKonsequenz für NIPBL-Variante