Durch die Medizininformatik-Initiative (MII) und den Aufbau der Datenintegrationszentren (DIZ) werden klinische Versorgungdaten aus verschiedenen Quellen des Krankenhausinformationssystems (KIS) für die medizinische Forschung nutzbar gemacht. Mit dem methodischen Anwendungsfall Phänotypisierungspipeline, kurz PheP, unterstützt das SMITH-Konsortium den Aufbau, die qualitative Anreicherung und die Auswertung des Datenbestandes. Die Federführung liegt bei der Universität Leipzig.

Neue Wege in der Forschung

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PheP ist eine Plattform, über die klinische Forscherinnen und Forscher in interdisziplinärer Zusammenarbeit mit Statistikerinnen und Statistikern sowie Informatikerinnern und Informatikern Forschungsfragestellungen nachgehen können, die zuvor wirtschaftlich und technologisch undenkbar schienen. Immer wieder neue wissenschaftliche Auswertungsvorhaben werden systematisch konzipiert. Berechnungen auf den vorhandenen Daten führen dabei zu neuen patientenbezogenen Informationen. Diese bestimmbaren Merkmale der Patientinnen und Patienten, sogenannte Phänotypen, stehen anschließend weiteren Anwendungen zur Verfügung und reichern den Datenbestand an. Klinische Forschung und Patientenversorgung können somit langfristig optimiert werden.

Sichere Technologien für sensible Patientendaten

Die technische Voraussetzung liefert die PheP-Engine, eine an allen Standorten aufgebaute Softwarelösung. Diese ermöglicht die Einführung einer automatischen und sicheren Technologie für die Verteilung und Ausführung von Algorithmen. Sensible Patientendaten können dabei in der Klinik verbleiben. Über standardisierte Schnittstellen erfolgen der Transfer und die Standardisierung der Daten.

Natural Language Processing (NLP), d. h. die Verarbeitung natürlicher Sprache, ist ein Teilprojekt von PHeP. Denn längst nicht alle Daten der elektronischen Krankenakten liegen bereits als Datenelemente eindeutig codiert vor. Diagnosen, Befunde, Medikamente, Nebenwirkungen oder Labordaten werden aus den im Krankenhausinformationssystem (KIS) vorhandenen Dokumenten mit Methoden der natürlichen Sprachverarbeitung und semantischen Textanalyse extrahiert.

Zitat Prof. Löffler PHEP

Patientenversorgung durch Forschung nachhaltig verbessern

Die klinischen Anwendungsfälle ASIC (Algorithmische Überwachung in der Intensivversorgung) und HELP (Zielgerichtete Antibiotikatherapie in der Infektionsmedizin) des SMITH-Konsortiums zeigen die neuen Möglichkeiten beispielhaft auf. Der methodische Anwendungsfall PheP etabliert nun Prozesse und eine Infrastruktur, um dies für die Beantwortung zukünftiger Forschungsfragestellungen standortübergreifend zu ermöglichen.

Das PheP-Konzept ist zudem auch die Grundlage des Anfang 2020 gestarteten MII-übergreifenden Anwendungsfalles POLAR -  Polypharmazie, Arzneimittelwechselwirkungen und Risiken der MII, an dem alle vier Konsortien beteiligt sind.