01.08.2024. Das Team um Dr. Denis Schapiro beschäftigt sich am Universitätsklinikum Heidelberg (UKHD) mit der digitalen Bildanalyse. Dabei werden hochdimensionale Bildinformationen aus Geweben erfasst und ausgewertet.
Welches spezifische Forschungsinteresse verfolgst du mit deiner Nachwuchsgruppe (NWG)?
Denis Schapiro, Leiter der Nachwuchsgruppe: "Meine Nachwuchsgruppe kombiniert computergestützte Biologie, quantitative Biomedizin und neuartige Bildgebungstechnologien (Spatial Omics), um neue Merkmale für die Stratifizierung, Diagnose und Behandlung verschiedener neoplastischer Erkrankungen zu erforschen."
Welches Forschungsinteresse hat dich dazu motiviert, Teil der NWG zu werden?
Miguel Ibarra-Arellano, Doktorand: "Für mich ist die Möglichkeit, anwenderfreundliche Software und Plattformen zu entwickeln, die die räumliche Verteilung und Wechselwirkung von Biomolekülen in Geweben abbilden können, unglaublich spannend. Diese Instrumente bieten Einblicke, die zuvor unerreichbar waren und ermöglichen es uns, den Krankheitsverlauf besser zu verstehen und potenzielle Behandlungsziele zu identifizieren."
Wie würdest du deine Forschungsarbeit für jemanden beschreiben, der nicht damit vertraut ist?
Chiara Schiller, Doktorandin: "Ich untersuche, wie unterschiedliche Zellen in gesundem und erkranktem Gewebe organisiert sind, um biologisch relevante Interaktionen zwischen den Zellen und ihrer Umgebungen zu verstehen. Wir analysieren zum Beispiel die Wechselwirkung zwischen Krebszellen und Immunzellen in Tumorgewebe. Diese Forschung kann helfen, den Krankheitsverlauf vorherzusagen und eine personalisierte Behandlung zu entwickeln."
Was war bisher das spannendste Ergebnis in deiner Arbeit im Rahmen der NWG?
Margot Chazotte, Doktorandin: "Ich hatte die Chance, hoch multiplexierte Bilddaten einer neu entdeckten Speicheldrüse zu analysieren, die bisher noch nicht beschrieben wurde. Wir sind die ersten, die diese neuartige Speicheldrüse mit modernsten Methoden untersuchen können."
Lesetipp:
Wünnemann und Sicklinger et al. (2024): „Spatial omics of acute myocardial infarction reveals a novel mode of immune cell infiltration“.
In dieser Studie werden Transkript-basierte und Antikörper-basierte Spatial-Omics-Methoden kombiniert, um Entzündungsprozesse nach einem Herzinfarkt bei Mäusen zu untersuchen. Die Studie zeigt, wie detailliert die Integration verschiedener Datenmodalitäten sein kann, um den Krankheitsverlauf in Raum und Zeit zu untersuchen.