Für die Kodierung des gesamten Pathologiebefundberichts als auch für die Grouper-Observations kommen LOINC-Terme aus der DOC.*-Klasse oder der Doc-Skala zum Einsatz.
Die generischen Einzelbeobachtungen selbst sollten möglichst genau so kodiert werden, wie sie auch beobachtet wurden, d.h. an welchem Probentyp, mit welcher Methode, etc.
Die zahlreichen Möglichkeiten, Beobachtungen mit Code-Value-Paaren zu beschreiben, werden für nichtnumerische Beobachtungsergebnisse auf zwei (drei) prinzipielle Möglichkeiten beschränkt:
Observation.value den nichtnumerischen Beobachtungswert.Observation.code: Ausmaß einer Extraprostatischen TumorausbreitungObservation.valueCodebleConcept: fokalObservation.code wird durch eine Möglichkeit ausgedrückt, die nicht die Aktion der Beobachtung kodiert, sondern ein Statement zu einem Befund darstellt. Auf diese Weise ist der Observation.value ein Qualifier, der das Vorhandensein oder Nichtvorhandensein des Befundes kodiert.Observation.code: PerineuralscheideninvasionObservation.valueCodebleConcept: Ja/Nein Indikator oder Observation.valueBooleanObservation.code wird wie in 2. durch ein Statement zu einem Befund dargestellt, der Observation.value wird weggelassen.Observation.code: PerineuralscheideninvasionObservation.valueCodebleConcept:Observation.dataAbsentReason: not-applicableFür die erstgenannte Möglichkeit stehen alle LOINC-Terme der Typen "Lab" und "Clinical" zur Verfügung. Falls kein passender LOINC-Code zur Verfügung steht, wird ein SNOMED-CT-Code verwendet, der aus der Hierarchie-Achse |363787002 (Observable entity)| oder |386053000 (Evaluation procedure)| stammt. Die Observation.values sind vorzugsweise SNOMED-CT-Codes oder zugehörige LOINC-Answer-Codes.
Für die zweitgenannte Möglichkeit ist der Observation.code vorzugsweise ein SNOMED-CT-Code aus den Hierarchie-Achsen |404684003 (Clinical finding)|, |413350009 (Finding with explicit context)| oder |272379006 (Event)|. Der Observation.value wird repräsentiert vorzugsweise durch die SNOMED-CT-Achse |362981000 (Qualifier value)|. Postkoordinierte SNOMED-CT Expressions sollten vermieden werden.
Für die drittgenannte Möglichkeit sollte vorzugsweise ein SNOMED-CT-Code aus den o.g. Hierarchie-Achsen verwendet werden. Ein Observation.dataAbsentReason.value des fehlenden Observation.value sollte benutzt werden, um anzuzeigen, warum dieser Wert fehlt.
Wenn sich keine passenden LOINC-Terme oder SNOMED-CT-Codes finden lassen, sind weitere standardisierte Code-Systeme (z.B. HL7 V2.x oder V3, ICD-10, ICD-11, ICD-O-3, ADT/GEKID) Kodes aus lokalen Kodesystemen vorzuziehen.
Für Synoptische Befundberichte zu Tumoren sollte der SNOMED CT Clinical Implementation Guide for Cancer Synoptic Reporting (https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCCANSIG/SNOMED+CT+Clinical+Implementation+Guide+for+Cancer+Synoptic+Reporting) berücksichtigt werden.
Die Maßeinheiten bei Messwerten müssen zwingend in UCUM-Einheiten angegeben werden, damit sich die Ergebnisse ineinander umrechnen lassen. Mittels Validatoren kann sichergestellt werden, dass die verwendeten Einheiten zulässig sind.
Für die Kodierung von Proben und Prozeduren wird SNOMED-CT verwendet.
Für Färbeprozeduren wird folgendes Vorgehen empfohlen:
Außerdem ist in ein Postkoordinierter Färbeprozess kodierbar:
Bei postkoordinierten Codes sei allerdings zu beachten, dass diese ohne einen dafür geeigneten Terminologieserver kaum auswertbar sind. Aus diesem Grund wäre unsere Empfehlung erstmal die Zusammenhänge von Färbeprozessen und deren jeweiligen Färbesubstanzen auf das FHIR Informationsmodell zu übertragen, und diese mithilfe von .processing.procedure und .processing.additive abzubilden.
Zusätzlich zu o.g. und weiteren internationalen Terminologien (ICD-O-3 und UICC-TNM) werden durch das Modul Pathologie-Befund eigene ValueSets definiert. Es sei darauf hingewiesen, dass alle ValueSets keine Expansion beinhalten. Diese muss vor der Verwendung mittels eines Terminologieservers durchgeführt werden.
Außerdem werden mehrere Datenelemente in den FHIR Resourcen durch HL7 V2.x -Kodes kodiert.
| Profile | Value-Sets | Binding-Strength |
|---|---|---|
| MII PR Patho Specimen | MII_VS_Patho_Container_Type_SNOMED | Required |
| MII PR Patho Service Request | MII_VS_Patho_Service_Request_SNOMED_CT | Preferred |
| MII PR Patho Active Problems | MII_VS_Patho_Problem_List_SNOMED_CT | Extensible |
| MII PR Patho Finding | MII_VS_Patho_Section_Types_LOINC | Required |
| MII PR Patho Report | MII_VS_Patho_Report_Category_HL7 | Extensible |
| MII PR Patho Specimen | MII_VS_Patho_Processing_Procedure_SNOMED_CT | Extensible |
| MII PR Patho Specimen | MII_VS_Patho_Collection_Method_SNOMED_CT | Extensible |
| MII PR Patho Attached Image | MII_VS_Patho_Media_Modality_SNOMED_CT | Extensible |
| MII PR Patho Composition | MII_VS_Patho_Composition_Type_LOINC | Extensible |
| MII PR Patho Composition | MII_VS_Patho_All_LOINC | Required |
| MII PR Patho Base Observation | MII_VS_Patho_All_LOINC | Preferred |
MII_VS_Patho_Collection_Method_SNOMED_CT:
This value set includes codes from the following code systems:
SNOMED_CT where concept IsA 118292001MII_VS_Patho_Container_Type_SNOMED:
This value set includes codes from the following code systems:
The following codes from system: SNOMED_CT
| Code | Display |
|---|---|
| 434746001 | Specimen vial (physical object) |
| 434464009 | Tissue cassette (physical object) |
| 434708008 | Tissue cassette for microarray (physical object) |
| 433466003 | Microscope slide (physical object) |
| 433453003 | Specimen container component (physical object) |
| 434533009 | Electron microscopy grid (physical object) |
| 434822004 | Specimen well (physical object) |
| 433472003 | Microscope slide coverslip (physical object) |
| 434473001 | Specimen container lid (physical object) |
| 706053007 | General specimen container (physical object) |
MII_VS_Patho_Service_Request_SNOMED_CT:
This value set includes codes from the following code systems:
706053007 where concept DescendentOf 108252007LOINC where STATUS Equal ACTIVELOINC where ORDER_OBS Equal BothLOINC where SYSTEM Equal LP7061-7LOINC where CLASSTYPE Equal 1LOINC where STATUS Equal ACTIVELOINC where ORDER_OBS Equal BothLOINC where SYSTEM Equal LP61649-7LOINC where CLASSTYPE Equal 1LOINC where STATUS Equal ACTIVELOINC where ORDER_OBS Equal BothLOINC where SYSTEM Equal LP247851-1LOINC where CLASSTYPE Equal 1LOINC where STATUS Equal ACTIVELOINC where ORDER_OBS Equal BothLOINC where SYSTEM Equal LP247830-5LOINC where CLASSTYPE Equal 1MII_VS_Patho_Problem_List_SNOMED_CT:
This value set includes codes from the following code systems:
706053007 where concept IsA 64572001706053007 where concept IsA 418799008706053007 where concept IsA 404684003706053007 where concept IsA 409586006706053007 where concept IsA 248536006706053007 where concept IsA 55607006706053007 where concept IsA 282291009MII_VS_Patho_Section_Types_LOINC:
This value set includes codes from the following code systems:
MII_VS_Patho_Report_Category_HL7:
MII_VS_Patho_Processing_Procedure_SNOMED_CT:
This value set includes codes from the following code systems:
706053007 where concept IsA 108252007MII_VS_Patho_Media_Modality_SNOMED_CT:
This value set includes codes from the following code systems:
MII_VS_Patho_Composition_Type_LOINC:
MII_VS_Patho_All_LOINC:
This value set includes codes from the following code systems:
77599-9