MII-Initiative

MII IG Molekulares Tumorboard DE v2025

Oncotree: Observation


Inhalt

Dieses Profil beschreibt die Oncotree-Klassifikation, die in der Präzisionsmedizin gebraucht wird.

Sie kombiniert Lokalisations- und morphologische Beschreibungen und gilt damit als besser geeignet für personalisierte Medizin als die weiter verbreitete ICD-O-Klassifikation mit Topographie und Morphologie. Die aktuelle stabile Version wird vom MSKCC herausgegeben und wird in der OnkoKB-Datenbank verwendet.

Es ist zu beachten, dass die OncoTree-Klassifikation zur Kommentierungsphase noch nicht als eigenständiges CodeSystem/ValueSet bereitgestellt wird - dies ist jedoch spätestens mit dem offiziellen Release geplant.


Zeitliche Zuordnung im Verlauf

NameStatusVersionCanonicalBasis
MII_PR_MTB_Oncotreedraft2024.0.0-ballothttps://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-oncotreehttp://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Observation

Inhalt

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Grad des Tumors nach MSKCC Oncotree Klassifikation

FeldnameKurzbeschreibung
Observation.meta
Observation.meta.profile
Observation.code
Observation.subject
Observation.encounterGesundheitseinrichtungskontakt
Observation.value[x]
Observation.value[x].coding
Observation.value[x].coding.code
<StructureDefinition xmlns="http://hl7.org/fhir">
    <id value="mii-pr-mtb-oncotree" />
    <url value="https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-oncotree" />
    <version value="2024.0.0-ballot" />
    <name value="MII_PR_MTB_Oncotree" />
    <title value="MII PR MTB Oncotree Klassifikation" />
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    <fhirVersion value="4.0.1" />
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    <type value="Observation" />
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        </element>
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        <element id="Observation.subject">
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            <min value="1" />
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                <code value="Reference" />
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                <targetProfile value="https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/core/modul-person/StructureDefinition/PatientPseudonymisiert" />
                <targetProfile value="http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Patient" />
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            <mustSupport value="true" />
        </element>
        <element id="Observation.encounter">
            <path value="Observation.encounter" />
            <short value="Gesundheitseinrichtungskontakt" />
            <definition value="Kontakt zur Gesundheitseinrichtung" />
            <type>
                <code value="Reference" />
                <targetProfile value="https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/core/modul-fall/StructureDefinition/KontaktGesundheitseinrichtung" />
                <targetProfile value="http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Encounter" />
            </type>
            <mustSupport value="true" />
        </element>
        <element id="Observation.value[x]">
            <path value="Observation.value[x]" />
            <min value="1" />
            <type>
                <code value="CodeableConcept" />
            </type>
            <mustSupport value="true" />
        </element>
        <element id="Observation.value[x].coding">
            <path value="Observation.value[x].coding" />
            <min value="1" />
            <max value="1" />
            <mustSupport value="true" />
        </element>
        <element id="Observation.value[x].coding.system">
            <path value="Observation.value[x].coding.system" />
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        </element>
        <element id="Observation.value[x].coding.code">
            <path value="Observation.value[x].coding.code" />
            <min value="1" />
            <mustSupport value="true" />
        </element>
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</StructureDefinition>
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    "resourceType": "StructureDefinition",
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                        "code": "Reference",
                        "targetProfile":  [
                            "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/core/modul-fall/StructureDefinition/KontaktGesundheitseinrichtung",
                            "http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/Encounter"
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            },
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                "path": "Observation.value[x]",
                "min": 1,
                "type":  [
                    {
                        "code": "CodeableConcept"
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                ],
                "mustSupport": true
            },
            {
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                "path": "Observation.value[x].coding",
                "min": 1,
                "max": "1",
                "mustSupport": true
            },
            {
                "id": "Observation.value[x].coding.system",
                "path": "Observation.value[x].coding.system",
                "patternUri": "http://data.mskcc.org/ontologies/oncotree"
            },
            {
                "id": "Observation.value[x].coding.code",
                "path": "Observation.value[x].coding.code",
                "min": 1,
                "mustSupport": true
            }
        ]
    }
}

Mapping Datensatz zu FHIR

DatensatzErklaerungFHIR
OncoTree Classification

Klassifizierung eines Tumor nach OncoTree

Condition.stage.assessment:Reference(Observation)

Suchparameter

Folgende Suchparameter sind für diese Modul relevant, auch in Kombination:

  1. Der Suchparameter "_id" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?_id=12345

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "_id" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Parameters for all resources".

  2. Der Suchparameter "_profile" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?_profile=https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-oncotree

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "_profile" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  3. Der Suchparameter "code" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?code=http://snomed.info/sct|371469007

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "code" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".

  4. Der Suchparameter "subject" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?subject=Patient/example

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "subject" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Reference Search".

  5. Der Suchparameter "encounter" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?encounter=Encounter/example

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "encounter" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Reference Search".

  6. Der Suchparameter "combo-value-concept" MUSS unterstützt werden:

    Beispiele:

    GET [base]/Observation?combo-value-concept=http://data.mskcc.org/ontologies/oncotree|HGONEC

    Anwendungshinweise: Weitere Informationen zur Suche nach "combo-value-concept" finden sich in der FHIR-Basisspezifikation - Abschnitt "Token Search".


Beispiele

Beispiel: Beschluss MTB-Fall für Kim Musterperson vom 28.03.2023 (siehe Beschreibung von Szenarien fuer die Anwendung der Module)

Observation.id[0]mii-exa-mtb-kim-oncotree
Observation.meta[0].profile[0]https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-oncotree
Observation.status[0]final
Observation.code[0].coding[0].system[0]http://snomed.info/sct
Observation.code[0].coding[0].code[0]371469007
Observation.subject[0].reference[0]Patient/PatientKimMusterperson
Observation.effective[0]2021-06-10
Observation.value[0].coding[0].system[0]http://data.mskcc.org/ontologies/oncotree
Observation.value[0].coding[0].code[0]HGONEC
{
    "resourceType": "Observation",
    "id": "mii-exa-mtb-kim-oncotree",
    "meta": {
        "profile":  [
            "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-mtb/StructureDefinition/mii-pr-mtb-oncotree"
        ]
    },
    "status": "final",
    "code": {
        "coding":  [
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                "code": "371469007",
                "system": "http://snomed.info/sct"
            }
        ]
    },
    "subject": {
        "reference": "Patient/PatientKimMusterperson"
    },
    "effectiveDateTime": "2021-06-10",
    "valueCodeableConcept": {
        "coding":  [
            {
                "code": "HGONEC",
                "system": "http://data.mskcc.org/ontologies/oncotree"
            }
        ]
    }
}

ValueSet 'MII_VS_MTB_OncoTree'

Version2024.0.0-ballot
Published byMedizininformatik Initiative
StatusDraft
ExperimentalFalse

ValueSet der MSKCC OncoTree Klassifikationen

Contact Information

Website: https://www.medizininformatik-...

This value set includes codes from the following code systems:

  • Import all codes from CodeSystem http://data.mskcc.org/ontologies/oncotree