Terminologien

Für die Kodierung des gesamten Pathologiebefundberichts als auch für die Grouper-Observations kommen LOINC-Terme aus der DOC.*-Klasse oder der Doc-Skala zum Einsatz.

Die generischen Einzelbeobachtungen selbst sollten möglichst genau so kodiert werden, wie sie auch beobachtet wurden, d.h. an welchem Probentyp, mit welcher Methode, etc.

Die zahlreichen Möglichkeiten, Beobachtungen mit Code-Value-Paaren zu beschreiben, werden für nichtnumerische Beobachtungsergebnisse auf zwei (drei) prinzipielle Möglichkeiten beschränkt:

  1. der Observation.code repräsentiert die Art der Beobachtung und der Observation.value den nichtnumerischen Beobachtungswert.
  • Observation.code: Ausmaß einer Extraprostatischen Tumorausbreitung
  • Observation.valueCodebleConcept: fokal
  1. der Observation.code wird durch eine Möglichkeit ausgedrückt, die nicht die Aktion der Beobachtung kodiert, sondern ein Statement zu einem Befund darstellt. Auf diese Weise ist der Observation.value ein Qualifier, der das Vorhandensein oder Nichtvorhandensein des Befundes kodiert.
  • Observation.code: Perineuralscheideninvasion
  • Observation.valueCodebleConcept: Ja/Nein Indikator oder Observation.valueBoolean
  1. der Observation.code wird wie in 2. durch ein Statement zu einem Befund dargestellt, der Observation.value wird weggelassen.
  • Observation.code: Perineuralscheideninvasion
  • Observation.valueCodebleConcept:
  • Observation.dataAbsentReason: not-applicable

Für die erstgenannte Möglichkeit stehen alle LOINC-Terme der Typen "Lab" und "Clinical" zur Verfügung. Falls kein passender LOINC-Code zur Verfügung steht, wird ein SNOMED-CT-Code verwendet, der aus der Hierarchie-Achse |363787002 (Observable entity)| oder |386053000 (Evaluation procedure)| stammt. Die Observation.values sind vorzugsweise SNOMED-CT-Codes oder zugehörige LOINC-Answer-Codes.

Für die zweitgenannte Möglichkeit ist der Observation.code vorzugsweise ein SNOMED-CT-Code aus den Hierarchie-Achsen |404684003 (Clinical finding)|, |413350009 (Finding with explicit context)| oder |272379006 (Event)|. Der Observation.value wird repräsentiert vorzugsweise durch die SNOMED-CT-Achse |362981000 (Qualifier value)|. Postkoordinierte SNOMED-CT Expressions sollten vermieden werden.

Für die drittgenannte Möglichkeit sollte vorzugsweise ein SNOMED-CT-Code aus den o.g. Hierarchie-Achsen verwendet werden. Ein Observation.dataAbsentReason.value des fehlenden Observation.value sollte benutzt werden, um anzuzeigen, warum dieser Wert fehlt.

Wenn sich keine passenden LOINC-Terme oder SNOMED-CT-Codes finden lassen, sind weitere standardisierte Code-Systeme (z.B. HL7 V2.x oder V3, ICD-10, ICD-11, ICD-O-3, ADT/GEKID) Kodes aus lokalen Kodesystemen vorzuziehen.

TODO: Abbildung (Prinzip der gemeinsamen Nutzung von LOINC und SNOMED-CT, https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCLOINC/5.2.7+Practical+Uses+of+Part+Maps+and+Expression+Associations, Kap. 5.2.7) hinzufügen

Die Maßeinheiten bei Messwerten müssen zwingend in UCUM-Einheiten angegeben werden, damit sich die Ergebnisse ineinander umrechnen lassen. Mittels Validatoren kann sichergestellt werden, dass die verwendeten Einheiten zulässig sind.

Für die Kodierung von Proben und Prozeduren wird SNOMED-CT verwendet.

Färbungen

Für Färbeprozeduren wird folgendes Vorgehen empfohlen:

  • Histologische und zytologische Färbungen können in SCT entweder als präkoordinierte Procedure (z.B alle Children von 127790008) oder als Kombination von Färbeprozess (127790008) und den verwendeten Farbstoffen (alle children von 397165007 oder 45389009) als Additiv (Substance) kodiert werden. Hierbei kann ein Färbeprozess mittels Specimen.processing.procedure abgebildet werden, während die dazu gehörigen Färbesubstanzen über Specimen.processing.additive über eine Referenz zu einer oder mehreren Substance Ressourcen abzubilden wären.
  • Für Immunhistochemische Färbungen stehen in SCT nur wenige präkoordinierte Konzepte zur Verfügung. Auch hier bietet sich die Kombination von Färbeprozess 406867009 oder 13269000 mit den Antikörpern/Antigenen und Chromogenen als .substance bzw. ingredient.substance an.

Außerdem ist in ein Postkoordinierter Färbeprozess kodierbar:

  • Färbeprozess(procedure):usingSubstance=Farbstoff oder =Antikörper
  • Färbeprozess(procedure):directSubstance=Zielantigen
  • oder eine Kombination dieser Kodierungen.

Bei postkoordinierten Codes sei allerdings zu beachten, dass diese ohne einen dafür geeigneten Terminologieserver kaum auswertbar sind. Aus diesem Grund wäre unsere Empfehlung erstmal die Zusammenhänge von Färbeprozessen und deren jeweiligen Färbesubstanzen auf das FHIR Informationsmodell zu übertragen, und diese mithilfe von .processing.procedure und .processing.additive abzubilden.

Für in-situ-Hybridisierungen sollte eine terminologische Harmonisierung mit dem KDS „Molekulargenetischer Befundbericht“ erreicht werden.

Modul ValueSets

Zusätzlich zu o.g. und weiteren internationalen Terminologien (ICD-O-3 und UICC-TNM) werden durch das Modul Pathologie-Befund eigene ValueSets definiert. Es sei darauf hingewiesen, dass alle ValueSets keine Expansion beinhalten. Diese muss vor der Verwendung mittels eines Terminologieservers durchgeführt werden.

Außerdem werden mehrere Datenelemente in den FHIR Resourcen durch HL7 V2.x -Kodes kodiert.

Profile Value-Sets Binding-Strength
MII PR Patho Specimen MII_VS_Patho_Collection_Method_SNOMED_CT
MII_VS_Patho_Container_Type_SNOMED		 Extensible
Required
MII PR Patho Service Request MII_VS_Patho_Service_Request_SNOMED_CT Preferred
MII PR Patho Active Problems MII_VS_Patho_Problem_List_SNOMED_CT Extensible
MII PR Patho Finding MII_VS_Patho_Section_Types_LOINC Required
MII PR Patho Report MII_VS_Patho_Report_Category_HL7 Extensible
MII PR Patho Specimen MII_VS_Patho_Processing_Procedure_SNOMED_CT
MII_VS_Patho_Collection_Method_SNOMED_CT		 Extensible
MII PR Patho Attached Image MII_VS_Patho_Media_Modality_SNOMED_CT Extensible
MII PR Patho Composition MII_VS_Patho_Composition_Type_LOINC
MII_VS_Patho_All_LOINC		 Extensible
Required
MII PR Patho Base Observation MII_VS_Patho_All_LOINC Preferred

ValueSet 'MII_VS_Patho_Collection_Method_SNOMED_CT'

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ValueSet for the clinical collection method

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  • Include codes from SNOMED_CT where concept IsA 118292001

ValueSet 'MII_VS_Patho_Container_Type_SNOMED_CT'

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ValueSet for container type based on IHE PaLM's ContainerEntityClassType ValueSet

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  • The following codes from system: SNOMED_CT

    CodeDisplay
    434746001Specimen vial (physical object)
    434464009Tissue cassette (physical object)
    434708008Tissue cassette for microarray (physical object)
    433466003Microscope slide (physical object)
    433453003Specimen container component (physical object)
    430863003Tissue embedding medium (substance)
    434533009Electron microscopy grid (physical object)
    434822004Specimen well (physical object)
    433472003Microscope slide coverslip (physical object)
    430862008Microscope slide mounting medium (substance)
    434473001Specimen container lid (physical object)

ValueSet 'MII_VS_Patho_Service_Request_SNOMED_CT'

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ValueSet for a preferred set of ServiceRequest codes

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  • Include codes from SNOMED_CT where concept DescendentOf 108252007

ValueSet 'MII_VS_Patho_Problem_List_SNOMED_CT'

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ValueSet containing the recommended vocabulary for describing problems, according to the IHE Patient Care Coordination Technical Framework (Vol. 2)

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  • Include codes from SNOMED_CT where concept IsA 64572001
  • Include codes from SNOMED_CT where concept IsA 418799008
  • Include codes from SNOMED_CT where concept IsA 404684003
  • Include codes from SNOMED_CT where concept IsA 409586006
  • Include codes from SNOMED_CT where concept IsA 248536006
  • Include codes from SNOMED_CT where concept IsA 55607006
  • Include codes from SNOMED_CT where concept IsA 282291009

ValueSet 'MII_VS_Patho_Section_Types_LOINC'

Version1.0.0
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ValueSet for IHE PaLM APSR's section types

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  • The following codes from system: LOINC

    CodeDisplay
    83321-0Pathology report intraoperative observation in Specimen Document
    22634-0Pathology report gross observation
    22635-7Pathology report microscopic observation
    22637-3Pathology report diagnosis
    77599-9Additional documentation

ValueSet 'MII_VS_Patho_Report_Category_HL7'

Version1.0.0
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ValueSet for the categorization of Pathology Report documents

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  • The following codes from system: v2.0074

    CodeDisplay
    CPCytopathology
    SPSurgical Pathology

ValueSet 'MII_VS_Patho_Media_Modality_SNOMED_CT'

Version1.0.0
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ValueSet with some of the main Media.modalities needed in the pathological scope

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  • The following codes from system: SNOMED_CT

    CodeDisplay
    706821004Scanner (physical object)
    706582001Microscope camera (physical object)
    14364002Camera, device (physical object)
    701627004Multi-purpose digital medical camera (physical object)
    409903006External camera (physical object)

ValueSet 'MII_VS_Patho_Composition_Type_LOINC'

Version1.0.0
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ValueSet for the types a pathology Composition can have

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ValueSet 'MII_VS_Patho_All_LOINC'

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ValueSet for general LOINC VS binding

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  • Import all codes from CodeSystem LOINC